如何用primerpremier5.0软件设计引物序列

最佳经验

由作者撰写原创经验并推荐置顶

Premier的主要功能分四大块，其中有三种功能较常用，即引物设计（primer），限制酶切点分析(enzyme)，基元查找(motif)，该软件还有别的一些功能，如序列”朗读”，DNA与蛋白序列的互换（protein），发声提示键盘输入等，但其中最优秀的却是能设计简并引物，接下来介绍用primerpremier5,0软件设计引物序列的办法，以下内容是由微蓝经验网用户发布如何用primerpremier5,0软件设计引物序列，希望对于用户有一定帮助，为朋友进行解决疑惑，如若想了解更多相关内容，可以向底部移动了解更多与本教程文章相关解决经验方法！

步骤与方法

1/6
Premier软件的起动并打开一段序列后，界面如图所示。其主要功能在主界面上一目了然（按钮功能如上述）。限制酶切点分析及基元查找功能比较简单，单击该功能按钮后，选择相对应的限制酶或基元（如-10序列，-35序列等），按“确定”就可以了。常见的限制酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新限制酶或基元。
2/6
进行引物设计时，点击“primer”按键，界面如图所示。
3/6
进一步点击“search”按键，出现searchcriteria窗口，有多种参数以调整。搜索目的（SeachFor）有三种选项，PCR引物（PCRPrimers），测序引物（SequencingPrimers），杂
交探针（HybridizationProbes）。搜索类型(SearchType)可选择上、下游引物（Sense/Anti-sensePrimer）都分别查找(Both)，或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上、下游引物为主
（CompatibleWithSense/Anti-sensePrimer）。另外还可改变选择区域（SearchRanges），引物长度（PrimerLength），选择方式（SearchMode），参数选择（SearchParameters）等等。研究人员可根据自个的需要设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。然后按“OK”，随之出现的SearchProgress窗口中显示SearchCompleted时，再按“OK”，
这时搜索结果以表格的形式出现，有三种显示方式，上游引物（Sense），下游引物(Anti-sense)，
成对显示(Pairs)。
4/6
默认显示为成对方式，并按优劣次序（Rating）排列，满分为100，即各指标都能达标，如图所示。
5/6
点击其中一对引物，如第1#引物，并把上述窗口挪开或退出，显示PeimerPremier主窗口，如图所示。该图分三部分，最上面是图示PCR模板及产物位置，中间是所选的上下游引物的一些性质，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引发情况（FalsePriming），及上下游引物之间二聚体形成情况（CrossDimer）。
6/6
当所分析的引物有这四种结构的形成可能时，按钮由“None”变成“Found”，单击该按钮，在左下角的窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏有“Found”，只有“None”。值得注意的是中间一栏的末尾给出该引物的最佳退火温度，可参考应用。有时需要对引物进行修饰编辑，如在5’端加入限制酶切点，可点击“EditPrimers”，然后修改引物序列。若要回到搜索结果中，则点击“Results”按键。